Взятие материала проводят до начала антибактериальной терапии или в интервалах между курсами лечения, но не ранее двух недель после ее окончания. Исключения составляют исследования чувствительности возбудителя к противомикробным препаратам.
Мокрота отбирается утром натощак, после предварительного полоскания рта и горла кипяченой водой, при сборе мокроты крайне нежелательно попадание слюны в пробу. Учитывая, что в момент откашливания мокроты создается высокий риск воздушно-капельного распространения инфекции, желательно, чтобы сбор мокроты проводился в отдалении от других людей – на открытом воздухе или в отдельной, хорошо вентилируемой комнате. Если больной выделяет мало мокроты, ее следует собирать в течение суток, при этом собранный материал следует хранить в холодильнике. В случаях, когда кашель оказывается непродуктивным, следует прибегать к индукции мокроты посредством ингаляции стерильного 5% раствора натрия хлорида через небулайзер.
Полученную мокроту помещают в одноразовые стерильные герметично закрывающиеся контейнеры.
Трахеальный смыв, материалы, полученные при проведении бронхоскопии (промывные воды бронхов, бронхоальвеолярный лаваж, а также материалы катетер- или щеточной биопсии). Материал, полученный с помощью эндоскопии, аспираты из трахеи, собранные стандартным образом, помещают в стерильные пластиковые контейнеры.
Хранение образцов. Для культуральных исследований и микроскопии при температуре 2–8°С не более 24 ч.
Для выявления РНК/ДНК:
- при температуре 2–8°С – в течение 24 ч.;
- при температуре минус 16–20°С – до 3 мес.;
- длительно при температуре не выше минус 68°С.
Допускается лишь однократное замораживание–оттаивание материала.